Viveu entre 1643 e 1712 e foi nomeado arquitecto real por D. Pedro II em 1699, com o vencimento anual de 50 mil réis, após 16 anos de aprendizado de arquitectura civil na Aula do Paço da Ribeira e exercício da profissão como arquitecto das Ordens Militares de Cristo e de S. Tiago e S. Bento de Avis, da Casa do Infantado e da Casa das Rainhas.

Entre inúmeras obras que executou por todo o país, sabe-se que trabalhou no Convento do Grilo em 1667; desenhou o retábulo da Ermida de S. Francisco da Quinta do Calhariz de Sesimbra em 1681, onde, pela primeira vez, aplicou colunas torsas e embutidos de mármore polícromo, recorrendo a fontes de inspiração italianas, elementos que irá utilizar de novo frequentemente, como em 1686 no retábulo da capela-mor da Igreja dos Mártires, sendo provavelmente também de sua autoria o retábulo da capela dos Lencastres no Convento de S. Pedro de Alcântara; em 1690 projectou o Convento do Louriçal, fundado por D. Pedro II; executou a obra de pedraria da igreja do Convento dos Cardais e as torres e frontaria da igreja do Santíssimo Sacramento em 1693 e, no ano seguinte, reedificou a igreja do Convento de Santo Elói, com planta octogonal.

Em 1696 foi encarregue da renovação da igreja de Santos-o-Velho, sendo da sua autoria a fachada principal com as torres sineiras, os púlpitos e o portal lateral e, no mesmo ano, foi-lhe encomendada pela condessa de Linhares a Sacristia do Colégio jesuíta de Santo Antão-o-Novo; em 1697 D. Pedro II encarregou-o da execução da capela-mor da igreja do mosteiro da Encarnação das Comendadeiras de Avis; no ano seguinte foi responsável pela obra de renovação da igreja e sacristia do Convento do Varatojo; o coro e o túmulo de Santa Joana Princesa em Aveiro foram realizados em 1699, este profusamente enriquecido com embutidos de mármores coloridos; no ano seguinte executou a sacristia, casa do tesouro e a tribuna do Senhor da Agonia na Sé de Braga, e traçou a igreja de Santigo de Alcácer do Sal; em 1701 teve a seu cargo o Palácio da Bemposta, a mando de D. Catarina de Bragança, o retábulo-mor da igreja Nossa Senhora da Assunção de Colares e a Igreja do Santuário do Bom Jesus da Cruz de Barcelos, com planta centralizada em cruz grega envolvida por uma caixa murária arredondada, conjugando dinamicamente a forma quadrada e circular; em 1702 dirigiu a obra de renovação do Claustro do Convento de Santa Marta em Lisboa e, em 1705, a da Ermida de Nossa Senhora da Saúde da Mouraria.

Em 1711, um ano antes da sua morte, projectou a Igreja do Menino Deus em Lisboa, com uma nave de cantos internamente cortados, obtendo uma forma envolvente, harmonizando a arquitectura com a decoração onde avultam os embutidos de mármore, talha, escultura e pintura.

João Antunes, “famoso” e “insigne” arquitecto, é considerado o iniciador do estilo barroco em Portugal e a sua obra mais paradigmática foi a da reconstrução da igreja de Santa Engrácia em Lisboa, a partir de 1681, ainda “mestre pedreiro”, por encomenda da Irmandade dos Cem Escravos do Santíssimo Sacramento, para a qual, baseado em Serlio, Borromini e Guarini, desenhou fachadas a um tempo austeras e dinâmicas, compondo um jogo complexo de côncavos e convexos ondulantes acantonados de saliências quadrangulares, que provocam alternâncias de luz e sombra, e onde se inscreve uma decoração escultórica sóbria, perfeitamente integrada que sublinha a animação da caixa murária provida de uma frontaria cénica e grandiosa, com uma galilé rasgada em arcada perfilada por altas colunas em avançamento, estrutura que envolve uma planta em cruz grega de topos curvos, criando um espaço flexível que é decorativamente enriquecido com embutidos de mármores polícromos compondo desenhos artificiosos.

A partir de 1670, com a ascensão da denominada nobreza de corte que adquire casas na capital, e com quem João Antunes se relaciona de perto, este vai igualmente desempenhar um papel marcante na arquitectura senhorial lisboeta, onde se dá um surto de remodelações e aformoseamento de vários palácios que, até então, apresentavam fachadas regulares com janelas de sacada repetitivas a marcar o andar nobre, que vão ser dinamizadas decorativamente e enriquecidas cenograficamente pelo arquitecto, como no Palácio de Tancos, remodelado em 1697, e no desaparecido Palácio dos condes de Tarouca no sítio da Cotovia, em 1698.

João Antunes demonstrou, através da sua vasta obra documentada, ser possuidor de uma mestria multifacetada que abarcava o desenho arquitectónico de igrejas e palácios e o traçado de retábulos, túmulos, púlpitos e revestimentos de embutidos.

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